Eesti Ämmaemandate Ühingu juhtorganid on kongress, volikogu ja juhatus. Juhtorganitesse valimine, delegaatide kuuluvuse ja tööülesanded sätestab põhikiri.

On kõrgeim juhtorgan. Kongress koguneb iga nelja aasta tagant.

Suunab ja kontrollib EÄÜ tegevust lähtuvalt põhikirjalistest eesmärkidest. (aktiivne link struktuurile ja juhendile) Volikogu koosneb osakondadest. Volikogu koosolekus toimuvad kaks korda aastas.

Korraldab igapäevast asjaajamist ja volikogu kinnitatud tegevuskavast lähtuvate tegevuste elluviimist. Juhatus on kuni 7 liikmeline. Juhatusse kandideeritakse tähtajaliseks tööperioodiks.

Juhatuse koosseis perioodil 2021-2025: